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分子波函数性质内容库iMolS简介
由于近年来较量化学的紧张性广为人知,科研工作者对较量化学的需求和热情也逐年高涨。这反映在越来越多的文章倾向于包括较量工作上。 这无疑是一件好事:即使是十分简洁的较量,也时常能够给研究者带来开导。在较量化学的指导下,越来越多的研究人员可以更加对症下药地进行其研究工作。这点转变从谷歌学术检索到的发表文章数量就可见一斑:
近年来包括“HOMO LUMO”的文章发表数量
另一方面,这也带来了许多问题。不少先前缺乏较量化学工具使用经验的研究者为了获得一些十分根蒂的内容而起头学习使用较量化学工具。这一方面带来了学习本钱,另一方面也使得较量效果的靠得住性难以获得包管。此外,一些热门分子的根基性质常常被分歧研究者反复较量,从而造成了人力物力的虚耗。
搜刮包括诺氟沙星和DFT的文献,就能够获得约1700条效果,此中相当大一部门都是对几何布局、火线轨道等的反复较量。
唯理较量创建开放式内容库
为认识决这些问题,唯理较量创建开放的分子较量性质内容库iMolS (internet Molecular databaSe)。
网址:https://imols.shiyanjia.com/
它旨在为每个研究者供应一个能方便获取到已知分子的根蒂较量化学内容的平台。通过创建这类根蒂内容的共享内容库,唯理较量进展节省研究者的时间,使得每个人都能轻松获得高质量的较量效果。
iMolS眼前包含了几何布局、火线轨道、静电势、一些紧张的原子电荷、Fukui函数的信息,并支持原始文件下载等的六大手艺支持。
几何布局
火线轨道
静电势
紧张原子电荷
Fukui函数的信息
支持原始文件下载
iMolS的使用界面,在此中能够通过CAS、SMILES、体系命名等进行检索,也能够绘制布局式检索。
眼前,iMolS中的内容均由唯理较量在M06-2X/ma-def2-TZVP//PBE0-D3BJ/6-31+G(d,p)程度下获得,所有分子均使用GFN2-xtb进行过构象搜刮,以确保获得了较为合理的构象(这一搜刮算法并不完善,稀奇是很多带有羧基的化合物中羧基仍然接纳了s-trans构象,提请注意)。
在第一批内容的天生过程中。唯理较量使用了PubChem上收录的分子,对每个分子均在上述程度进行了构型优化并获得构型和火线轨道,以此为根蒂使用M06-2X/ma-def2-TZVP程度获得了Hirshfeld、NPA、RESP三种原子电荷,分子外观静电势,以及Fukui函数。
内容库使用方法
点击详情界面,即可看到分子的根基信息。
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