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生信阐发神站:不会代码,还是阐发!

来源:本站原创 浏览:109次 时间:2021-08-06

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作为科研者,如果你到如今还不知道生物信息学,那真的太out了,生信有多火?拿最有名的内容库TCGA(Cancer Genome Atlas)来说,眼前已经收录了来自1万多例病人的33种癌症的内容,2.5PB的内容量。

在pubmed中随便搜一个TCGA,就能够发现近年来相关文献发表量在成指数级增长。

这此中,一部门是行使TCGA内容库发表的纯生信文章,好比2018年4月发表在Cell上的一篇“Comprehensive Characterization?of Cancer Driver Genes and Mutations”。

也有很多行使TCGA内容库的图片给文章增色的,好比2019年3月4,耶鲁大学陈设平传授团队在Nature Medicine上发表题为Siglec-15 as an immune suppressor and potential target for normalization cancer immunotherapy?的文章,里面就行使TCGA内容库阐发了Siglec-15 和T cell signature genes (CD3E, IFNG, GZMA and GZMB) 在膀胱癌中的关系。

而这些都不必要额外的湿实验,大大进步了临床大夫的科研效率。这也是生信之所以火的原因了。

但你可能要问,如果不会R语言,不会代码,怎么行使行使生信来进步科研效率呢?

或许列入过好几千一次的培训班,但效果便是,讲堂上什么都会,一归去本身弄马上就被各种报错打败,自学视频,同样是难题重重。

科研界一直必要一个功能强大,不必要代码,可视化阐发工具,如今它终于来了:临床生信之家?www.aclbi.com

平台是由几个临床大夫联合生信大拿一起搭建,界面极其简介,左侧栏是TCGA上所有33种肿瘤类型,之后第二期会纳入非肿瘤的疾病。顶部是各种阐发模块。首页稀奇注明了,所有内容均由R v4.0.3阐发完成, 意思便是说在平台上阐发的效果和拿R语言敲代码阐发的效果是完全一样的,这就太爽了。

别看界面简洁,该平台功能极其强大,好比想阐发下“某个基因在肺腺癌里EGFR突变和野生型病人中表达程度和预后差别”就轻而易举。

平台有极其强大的样本筛选功能,能够对样本进行除了临床信息,治疗信息的进一步筛选外,好比能够根据某一个基因是否突变筛选,某一个基因的表达量程度进行筛选,好比近年来火热的肺腺癌EGFR野生型伴PDL-1低表达相关研究,就完全没问题了。这也是眼前已知所有第三方网站无法实现的。

样本筛选表

样本筛选好后,就能够选择必要的功能模块进一步阐发啦。

单样天职析,顾名思义便是针对某一个样本的阐发,里面的工具眼前包含了临床信息对照,批量生存阐发,基因与生存,基因与TMB/MSI,桑基图,两基因相关性。

而多样天职析,便是针对某几个样本之间差别的对照,眼前包含以下工具:

多组生存,基因表达对照,miRNA对照,突变对照,免疫评分,免疫搜检点,甚至铁灭亡,m6A。

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